En un nuevo directo en Twitch, el navarro Javi Martínez contó el día que estuvo a punto de debutar con el primer equipo de Osasuna:
«Tenía 16 años y jugaba con Osasuna Promesas. Las sanciones de Raúl García y Patxi Puñal me permitieron entrenar toda la semana con el primer equipo y yo iba a jugar el fin de semana para convertirme en el jugador más joven en debutar con Osasuna en Primera, pero finalmente el comité le quitó una amarilla a Puñal y no debuté»
Javi Martínez comenzó a jugar al fútbol con cinco años en la localidad natal de su padre, Logroño, en las filas del CD Berceo. A los siete años empezó a jugar en las categorías inferiores del Club Deportivo Logroñés, donde estuvo otras dos temporadas; antes de incorporarse al CD Arenas de su localidad, Ayegui.
En el año 2000 se incorporó al CD Izarra de Estella, antes de pasar a la cantera de Osasuna en el año 2001. En la campaña 2005-06, el entrenador Cuco Ziganda, su principal valedor, le subió al Osasuna Promesas.
El 2 de julio de 2006, Athletic Club y Osasuna llegaron a un acuerdo por Javi Martínez, en el que el club rojiblanco abonó al navarro su cláusula de rescisión de 6 millones de euros.